Truyện sẽ là khác đi với các bộ truyện khác nhưng bản này đặc biệt hơn, truyện kể về quá trình Naruto là cảnh sát chìm làm học sinh vào trường Konoha tổng hợp để điều tra về hiệu trưởng Shimura Danzo về cấu kết với tổ chức tội phạm thế giới Akatsuki.