Truyện được lấy bối cảnh sau 10 năm trận chiến của Sei Iori với các Gundam Mafia. Nhân vật chính, Haikyusen Masaki, 14 tuổi và đang theo học tại trường trung học Mikaki với Gundam Build Raiser- cộng sự trong các trận gunpla battle. Tuy nhiên, với nguồn sức mạnh của hệ thống RG, các GM (Gundam/ Gunpla Mafia) đã âm thầm liên kết với nhau để đánh cắp Build Raiser được gọi là Gundam Maistear. Vì không thể chống lại cá Gundam Maistear, Masaki với những người sở hữu nguồn sức mạnh tương đương hệ thống RG tạo thành các nhóm nhỏ gọi là The Fighters để chống lại các GM Fighters. Xung đột kết thúc khi Masaki chiến thắng được Kaguchi, The Fighters trở thành biểu tượng hoà bình của thế giới. Truyện được tiếp tục trong phần 2 của GUNDAM BUILD FIGHTERS: Awakening of the Fighters