Sau khi thành công đánh bại Retak'ka ( trong movie 2 ). Boboiboy quyết định tách ra vĩnh viễn. Ochobot cũng đã tìm ra cách giúp các nguyên tố không bị mất trí nhớ khi phân tách quá lâu. Trong 1 lần làm nhiệm vụ. Nhiệm vụ được chính bộ chỉ huy của Tappos giao cho và bắt buộc không được thất bại. Nhiệm vụ là tìm vị trí của 1 sức mạnh hủy diệt đã xuất hiện cách đây hơn nghìn năm. Nếu để nó rơi vào tay kẻ xấu thì kẻ đó có thể phá hủy tàn bộ vũ trụ 1 cách dễ dàng. Vị trí tím được là ở hành tinh Mega (chế nha). Những người được cử đi gồm các nguyên tố Ying, Yaya, Gopal và đội trưởng là Kaizo đủ để biết nhiệm vụ này quan trọng như thế nào. Ở đó không hiểu sao có cái gì đó thôi thúc các nguyên tố. Bọn họ đi theo và thấy có 1 cô gái nhỏ đang say ngủ. Không hiểu vì sao bọn họ lại cảm thấy quen thuộc và muốn bảo vệ cô gái này dù chỉ mới gặp lần đầu. Vậy cô gái đó là ai?. Có quan hệ gì với các nguyên tố? Hãy cùng theo dõi nào